黄馨祥的父母是广东台山人，在二战期间从中国逃离到南非，在那里生下黄馨祥。黄馨祥16岁高中毕业，23岁取得了医学学士学位，之后搬往美国洛杉矶。期间黄馨祥远赴加拿大的英属哥伦比亚大学攻读医学硕士学位，后来受美国加州大学洛杉矶分校的邀请驻校科研。