1912年3月，唐绍仪出任内阁总理。他认为“孙中山的思想、袁世凯的实力”是中国统一的发展基础。他的内阁因此成为“同盟会中心内阁”，他挑选宋教仁、蔡元培、陈其美等同盟会骨干成员入阁，分别担任农林、教育、工商总长，使同盟会会员在政府中占据多数。一周后，唐绍仪由黄兴、蔡元培介绍，孙中山监誓，加入了同盟会。曾担任清政府外务部侍郎、邮传部尚书、奉天巡抚、袁总统内阁国务总理的唐绍仪，竟加入了革命党的同盟会!唐绍仪勤于公务，注重办事效率，使政府呈现一派新气象。

    这个当初袁世凯的部属此时跟袁平起平坐了，他显然走得太快了，因此遭到了袁世凯的反击。袁世凯多次暗示他“有所为、有所不为”，他都没有听进去。1912年6月初，直隶省议会选举王芝祥为直隶都督，袁世凯不予承认，并抛开总理附署权，公布另任命令。唐绍仪见《临时约法》已遭到破坏，“彻悟袁之种种行为，存心欺骗民党”。唐绍仪的反应是，宣布辞职。袁还假惺惺地说：“才任职四个月，怎么就辞了呢？”唐绍仪回说：“也不算短了。”两人的缘分到此结束。

    此后，唐绍仪寓居上海经商。1913年袁世凯暗中指使刺杀宋教仁，唐绍仪予以强烈谴责，并拒绝袁世凯拉拢其复任北洋军阀政府总理。1915年，袁世凯复辟，唐绍仪与蔡元培、汪精卫联名致电，警告他应“取消帝制野心，并辞职以谢天下”。护国军兴起后，唐绍仪再次致电袁世凯，劝其退位：“……近闻报悉撤销承认帝制之令，而仍总统之职。在执事之意，以为是可敷衍了事，第在天下视之，咸以为连吃道丧，为自来中外历史所无。试就真理窥测，今举国果有一笃信执事复能真践前誓，而真心拥护共和者乎？……此次举义，断非武力可解决，为执事劲敌者，盖全国人心，人心一去，万牛莫挽。此陈惟一良策，则只有请执事以毅力自退，诚以为约法上自有规定相当继承之人，亦正无俟张皇也。”这个喝过西洋墨水的政治家劝说袁世凯，只有退位才是“惟一良策”，他要求袁“为国家计，为公(袁)计，例当引避、辞职”。

    可以说，由于唐绍仪没有留下多少自己的文字，我们今天已经难以想象他的心理。这个西方文化中熏陶出来的中国第一代政治家，跟清末民初的众多政治人物有所不同，跟李鸿章、袁世凯、康有为、梁启超不同，跟成年后才去西方的孙中山等人也不同，他确实有着西方人对政治的豁达。因此他一生都有着十足的底气去劝人退位——劝清廷退位，劝袁世凯退位等。

    遗憾的是，唐绍仪远没有成长为继往开来的政治家，他即使跃升为政务官，但仍没有跳出事务官的窠臼，敬业、专业、职业有余，而谋略、战略、策略不足。政治家对自己有着期许，即使垄断资源，也不会予人以口实。但唐绍仪出生商家，长在美国，对日常生活的享受肆无忌惮。他的洋派，甚至表现在他的家事上，他亲自为女儿挑选夫婿顾维钧，自己也要迎娶第三位夫人。为不使两事冲突，他让女儿的婚事在他婚事两天后举行，此事成为当时新闻界大事。这种跟国人道德感颇有距离的行为一如今日80老翁迎娶二八少女，私德当然私德，但这也太不中国了。显然，唐绍仪对他生存的国土缺乏足够的认知，他只是依他见识过的世界的丰富性行事。他小看了中国。在他依傍又离心的强人袁世凯死后，他的政治前途就更得任人摆布了。

    1916年，国会任命唐绍仪为外交总长，但张勋等实力派巨头联名通电，反对唐入京。该电文声称：“唐绍仪学识凡庸，才智猥下，除奢华外，别无所长，故不适合担任外交总长。”可见，这个洋气十足、奢侈过度的人物缺少一定的人格魅力。

    好在唐绍仪明白历史的方向，他坚决地站在了孙中山的革命党一边。1917年8月，国会非常会议在广州正式揭幕。大会选举吴景濂、王正廷为非常国会的正、副议长。随后，中华民国军政府在广州宣告成立，唐绍仪被任命为财政总长，并被非常国会通过。1919年初，北洋军阀政府与护法军政府谈判议和，唐绍仪担任南方总代表。“五四”运动时期，唐绍仪通电北洋军阀政府表示支持爱国学生。他去电巴黎，要求出席巴黎和会的中国代表、他的女婿顾维钧拒绝在和约上签字。

    但在南方，唐绍仪失去军阀的庇护，被人任意利用。1920年6月，唐绍仪与孙中山等在上海通电反对桂系军阀， 11月，桂系军阀势力被驱逐出广东，唐随孙中山回到广州，重建军政府。同是书生、老乡，此时的唐绍仪与孙中山的分歧已越来越大，他对孙中山通过军阀战争来完成统一、恢复共和体制的理想已失去信心。或者说，作为一名曾经留美7年的留学生，唐绍仪对美国的政党体制多少有所了解，他倡导“政党政治”和“责任内阁”。即使孙中山的军政府，在唐绍仪看来也只是一种军人政府，不符合西方文人治国的体例。而且他认为孙中山的理想太高，难以实现，因此他拒绝出任军政府财政总长一职。

    这个在西方生活过的中国人并不消极悲观，他像一个智者一样敦劝他遇到的政客、政治家、军阀们退出政治舞台，以促成中国新的政治生态。他曾经劝清廷退位，劝袁世凯退位，劝段祺瑞退位，现在他又劝孙中山。好在孙中山这样的政治家不以为意，对他一笑置之。但他一旦面对军阀一样的枭雄，或枭雄一样的政治人物，他的劝退就是不识时务了。他不理解：在美国，退位是一种荣誉；而在中国，让人退位就是要人的命。

    因此，在实力派如陈济棠、蒋介石看来，唐绍仪本应该低三下四的，但他这个外来和尚自恃有真经在手，毫无顾忌。他平视他们，甚至对他们指指点点，他在陈济棠的属地工作，却自成一统，因此让陈怀恨在心；他要求蒋介石退位，因此也让后者心怀愤恨。