周谷平表示，此前，由于考虑到保护教师的积极性，方便科研创新，相对来说科研经费的管理是比较宽松的，但陈英旭事发后，浙大方面已经开始收紧相关的科研经费管理，在具体的处理情况上肯定会有一些加强。
浙江工业大学副教授金赞芳也感觉，现在学校内部的审查频率高多了，“以前没那么勤快，现在经常审查”。
在一些人士看来，更值得反思的是科研经费管理上的问题。
戴梦华就认为，虽然陈英旭在科研经费上的操作确有不规范之处，但更多的是源于科研经费管理的诸多主客观因素。
陈英旭是2008年正式接手苕溪课题，课题的实施期为2008年8月至2010年12月。但其中国拨经费2009年4月才到位，地方财政的配套资金更是迟迟未能完全落实。
“苕溪课题实施时间短，经费拨付又存在滞后性。因此，很多研究工作很难在实施期限内完成或达到良好的效果。”戴梦华说，据了解，苕溪项目的实际操作周期又比预想的时间长，至少需要5年的时间。但根据财政部的相关规定，课题实施期限到期做结题验收后，未用完的科研经费要退回国家。
他在辩护词中写道，考虑到课题后期工作主要有示范工程重整修复、运行维护以及产业化推广等重要工作，仍需要大量的资金支持，从而保证科研成果得到有效的保护，为将来产业化经营以及“十二五”课题的申报和运行打下良好的基础，因而，“课题组只能通过变通的方式，将部分将来需要用的资金转移出来，目的仍然是为将来课题的深入开展维护做更好的服务”。
戴梦华表示，科研经费与行政费用不同，很多花费按照现行规定无法做预算。例如，高博公司在课题申报开始，组织力量协助陈英旭开展水专项的前期调研和协调工作，至国拨经费到账前，高博公司实际发生包括业务费、差旅费、人员工资和津贴、办公费用等各项费用共计85万多元。“这些费用都是为苕溪课题服务的，但是无法体现到预算中，国拨经费中也没有对这些费用进行补偿”。
同时，按照规定，项目的示范工程应该由地方财政配套或者企业投入，但实际操作的时候，地方财政始终无法落实相关费用，企业也不愿出钱，“课题组只能通过高博公司和波易公司从国拨资金中寻求支持”。
记者在走访浙江大学环境与资源学院时，也听到了类似的看法。一位不愿意透露姓名的教师表示，陈英旭的出事更多的是因为科研经费的体制问题，“你想想，2009年把钱拨出来，2010年让你结题把钱花光，这肯定不科学。我们做课题也碰到过这样的问题，也是要自己掏钱。有些项目还好，资金到位之前，先垫付，账挂着，资金到位之后，我们可以把这个钱还掉，但是像他这个大项目，很容易出事。”
有关重大专项科研经费管理的《民口科技重大专项资金管理暂行办法》是2009年9月才出台。而有关垫付和归垫的规定《关于加强和规范民口科技重大专项资金垫付与归垫管理有关事项的通知》是2010年11月出台，有关验收的文件《水体污染控制与治理科技重大专项验收暂行管理细则》则是在2011年7月出台征求意见稿。
戴梦华认为，法律的滞后和实际操作过程中的种种问题，才导致了苕溪课题组最终出现科研经费的问题，“从中央到地方，从科研院所到各类学术机构，在项目科研经费使用上不合规的并非个别现象，这与经费使用管理制度缺乏和滞后有关”。
据了解，陈英旭因科研经费使用移交司法机关后，太湖流域治污课题目前由浙大移交给他的同事徐向阳教授接手，徐向阳拒绝了中国青年报记者的采访。陈英旭苕溪课题的研究团队中，首席科学家为浙江大学副校长张土乔，他也婉拒了记者的采访。
中国青年报记者还走访了杭州市西湖区人民检察院、杭州市人民检察院，并电话联系了杭州市人民法院，它们都拒绝对此案置评。
目前该案一审仍未宣判。
苕溪课题与太湖治污
陈英旭团队的“太湖流域苕溪农业面源污染河流综合整治技术集成与示范工程”(以下简称“苕溪课题”)获得立项，初衷是为太湖水体污染控制与治理提供强有力的科技支撑，“与国家和地方太湖流域水环境综合治理的重大工程相结合”。
苕溪位于浙江省北部，是浙江八大水系之一，在湖州市北白雀塘桥注入太湖，历史上曾以风光优美著称。可是自上世纪八十年代初起，苕溪上游一些工矿企业的不合法经营，将未经处理的工业废水直接排入溪水中。生活废水也越来越多地排入，造成了溪水的严重污染，污水也直接注入了太湖。
太湖是中国遭受污染程度最严重的大型湖泊之一。近年来，太湖水域多次蓝藻暴发使沿湖地区陷入水危机。太湖治污，一直是当地的一项重要工作。
据报道，从1991年起，国家启动第一期太湖治理工程。1998年，国家又批准《太湖环境治理计划》，并多次开展声势浩大的水污染治理行动。2007年，江苏省制定推进太湖流域水污染治理的各项财政政策措施，从新增财力中安排20亿元太湖污染治理专项资金。
然而，近年来的监测结果表明，太湖水质恶化并没得到根本遏制。
国家创设水体污染控制与治理科技重大专项(以下简称“水专项”)的目的在于，专门解决制约我国社会经济发展的重大水污染科技瓶颈问题，有效提高我国流域水污染防治和管理技术水平。
资料显示，太湖项目水专项仅陈英旭的太湖支流苕溪课题国拨资金就达1.05亿，还不包括无锡、常州等太湖核心区大笔专项科研资金。
国家环保部副部长吴晓青介绍，为了还太湖一泓清水，“十一五”期间水专项在太湖流域投资5.86亿元，带动地方投资近12.56亿元。
他说，在环太湖周边，水专项专门设立了湖滨带生态修复与缓冲区建设技术和工程示范课题；针对太湖污染底泥处理这个关键性问题，水专项设立了有毒有害污染底泥环保疏浚和资源化技术和示范课题；治理太湖蓝藻污染也是水专项承担的一项艰巨任务，水专项设立了大规模水华蓝藻去除和处理课题。
巨额经费的拨付，是为了完成我国太湖流域水环境综合治理，实施“清水入湖工程”提供科学支撑。
据了解，水专项在太湖治污上取得了系列积极成果。吴晓青表示，到2015年，水专项“减负修复”阶段目标是：太湖等重点流域示范区，水质提高一个等级并消除劣Ⅴ类，不暴发大面积蓝藻水华，城市河道水质消除劣Ⅴ类。
重大科技项目应加强监管
陈英旭所承担的课题“太湖流域苕溪农业面源污染河流综合整治技术集成与示范工程”(以下简称“苕溪课题”)，是国家科技重大专项“水体污染控制与治理”(以下简称“水专项”)中的一项课题。
在国家科技重大专项官方网站上，水专项与“大型核电站”、“大型飞机”、“载人航天与探月工程”等10多个高精尖项目并列，足见其重要性。
历史上，我国以“两弹一星”、载人航天、杂交水稻等为代表的若干重大项目的实施，对整体提升综合国力起到了至关重要的作用。因此，2006年2月，国务院发布了《国家中长期科学和技术发展规划纲要(2006-2020)》，在重点领域中确定一批优先主题的同时，围绕国家目标，筛选出若干重大战略产品、关键共性技术或重大工程作为国家科技重大专项，力争取得突破，努力实现以科技发展的局部跃升带动生产力的跨越发展，并填补国家战略空白。
在水污染事件频发的今天，这一重大专项的出台，重要意义不言而喻。
资料显示，水专项总体目标是针对我国水体污染控制与治理关键技术瓶颈问题，通过技术创新和体制创新，构建我国流域水污染治理技术体系和水环境管理技术体系，建立适合我国国情的水体污染控制、水环境质量改善的技术体系，为国家的重点水污染治理工程提供强有力的技术支撑。
这个项目要求大幅度削减污染物的负载，示范区的水环境质量要求有明显改善，饮用水安全保障技术明显提高，并为推动流域的整体治理提供技术支撑，以实现水体主要污染物的减排目标。
水专项最终确立以三河(淮河、海河、辽河)、三湖(太湖、巢湖、滇池)、一江(松花江)和一库(三峡水库)为重点实施区域。
国家环境保护部官网信息显示，2009年2月19日，水体污染控制与治理科技重大专项实施启动会议在北京召开。会上，吴晓青副部长代表水专项领导小组组长周生贤进行动员讲话，他指出，水专项是建国以来环境领域最大的科研项目。
资料显示，这一重大科技专项涵盖6个主题、33个项目、总计238个课题，示范工程分布在全国27个省、市、自治区，实施周期长达13年。根据“十一五”实施计划、2008年实施计划，“十一五”期间总投资112.66亿元，其中中央财政投入45.43亿元。
水专项的主要落实单位为国家住房和城乡建设部、环境保护部，环保部吴晓青副部长、住建部仇保兴副部长为水专项行政第一责任人。
实施启动会议上，水专项领导小组副组长、水专项管理办公室主任、住建部副部长仇保兴提出，水专项实施过程中要开展过程监督和绩效考核，实行更加精细的科学管理。
他说，水专项“涉及27个省、市(直辖市)和自治区，上百个县市地方政府，数百家科研院校和企业，近百万科研人员。水专项只有通过建立监督审核制度和奖惩制度，在实施过程中建立分层实施、全过程监督的评估监督体系，充分发挥牵头组织部门和各级地方政府的行政职能，切实发挥独立专家咨询委员会的指导作用，积极引入第三方评估机构发挥其在水质监测、污染物减排、经费使用等方面的监督作用，才能真正取得创新性科研成果和治污实效”。
这说明，水专项的监管问题，一开始就受到了重视。然而，实施过程中，问题却不可避免地发生了。
2012年2月28日，国家水专项管理办公室组织召开“水专项2011年审计情况通报暨2012年重点工作部署会”，国家审计署刘占波处长通报了水专项2011年审计调查情况，他指出，水专项总体执行情况是好的，但还存在组织管理层级多，部分课题交叉重复，部分课题单位存在违规使用专项资金等问题。刘占波强调，各单位要强化预算和法律两个意识，划清违规和经济犯罪两个界限。
陈英旭案发后，2012年12月13日，水专项2012年监督评估反馈交流会在京召开。水专项第一行政责任人、环境保护部副部长吴晓青强调，要落实好单位法人负责制，加强对科研人员的教育培训，树立预算意识，规范财务制度，进一步规范专项资金的使用。
2013年3月25日、26日，国家水专项办专职副主任王明良赴浙江省就水专项课题实施情况开展专题调研。在浙江大学召开的苕溪课题工作推进座谈会上，他当着浙江大学校领导的面，要求浙江大学以史为鉴，继续做好审计整改工作，组建强有力的团队，积极为苕溪流域水污染控制与治理作出贡献。
据知情人士透露，国家重大专项的钱是“很难花的”，因为审计很严格。曾是水专项项目组负责人的中科院生态环境研究中心研究院田秉辉也在接受媒体采访时称，“一年中，国家、省层次和各部委的抽查审计非常之多”。在中科院，类似的国家专项资金，管理异常严格，每一笔支出都在网上公布，500元以上的报账需部门领导和院里领导签字，最后还要备案。
中国青年报记者与“水体污染控制与治理重大科技专项管理办公室”取得联系，获知苕溪课题由“项目二组”负责管理。记者随后拨通了“项目二组”的办公电话，工作人员告诉记者，目前没有什么可以对外说的，到时候将统一对外回应。
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